बोनी कपूर की दो पत्नियों से दो-दो बच्चे हैं। पहली पत्नी से उन्हें अर्जुन कपूर और अंशुला हैं। दूसरी पत्नी श्रीदेवी से उन्हें जाह्नवी और खुशी कपूर हैं। फिलहाल अर्जुन और अंशुला एक घर में रहते हैं जबकि दूसरे घर में बोनी, जाह्नवी और खुशी साथ में रहते हैं। बोनी की दोनों पत्नियां अब इस दुनिया में नहीं रही हैं।